Tengo una duda

Buenas... vengo con una duda que es la siguiente y viene con contexto. A principios del año pasado quede embarazada, estoy con contrato indefinido y trabajo full time en ese supermercado azul con amarillo.

Desde los 3 meses de embarazo tuve que irme con licencia por 'Patologias del embarazo' ya que comencé con complicaciones que derivaron en un reposo absoluto. Llevo desde el 13 de mayo del 2024 con licencia, hasta el momento no me han rechazado ninguna licencia ya que estas se acompañan del informe medico y los respectivos justificativos.

El 9 de mayo debo entrar a trabajar (se me terminaba el 23 de Abril el permiso post natal pero tuve que pedir 10 dias de vacaciones por unos temas de mi casa). Todos los meses reviso mis liquidaciones de sueldo por cualquier cosa (aunque salga sueldo 0 ya que las licencias me las paga la caja), desde Julio del año pasado me sale un 'sobregiro', este ha ido aumentando con el pasar de los meses y ya va en sobre 300.000, cabe destacar que nunca he pedido creditos por la caja o por la empresa y no tengo deudas.

Pregunte a mi sindicato y me dijeron que es porque son los descuentos previsonales (AFP, fonasa, seguro de cesantia) que realiza la empresa que al estar con licencia lo dejan como sobregiro o deuda y cuando vuelva a trabajar ellos me haran una cuota para descontarlo de la liquidación mes a mes. Hable con recursos humanos y me dijeron que eran por las 'cuotas sindicales' pero al volver a hablar con el sindicato me dieron la misma respuesta anterior (descuentos previsionales)

Mi duda es, al yo estar con licencia es legal que me hagan un sobregiro por los descuentos previsonales? Como una 'deuda con la empresa'?