Que pasa con esto

Tengo una duda, conseguí un trabajo donde tengo horarios diferentes a la semana, el tema es que tengo que marcar mi salida y mi entrada en una aplicación de asistencia...mi duda es, mi jefe a veces me deja salir más temprano de la hora que dice en el contrato, hay alguna consecuencia? (Aparte de lo obvio, que sería descontar ese tiempo?)
Gracias por sus respuestas!!