Me persigue el CAE

Hola a todos y gracias de antemano si me pudiesen orientar.

*Contexto: Soy deudor CAE (el banco ya se cobró) no tengo devolución de impuestos por la deuda en tesorería etc.
*Encrucijada: Queremos iniciar una amasanderia dónde vivimos vía MEF(microempresa familiar) para poder acogernos a los beneficios-ahorros que conlleva tramitarla así, en desmedro de otro régimen como ltda por ejemplo.

Como todo quedaría a mi nombre(siendo deudor), tendría inconvenientes con los respectivos impuestos? retiros, devoluciones etc? o estoy juntando chicha con limoná?

Que consejo me darían?
Les agradezco de antemano.
Buen día.