Cuotas pendientes

Estoy trabajando en una empresa que por estos momentos esta pasando una mala situación económica aunque nunca han dejado de pagar el sueldo, aunque un poco tarde pero lo pagan.

El tema es que lo que no me han pagado ha sido un prestamo que tengo a través de una caja de compensación y estoy con deuda... Aunque si me descontaron la cuota... El tema es que hoy fui al médico y me dio una licencia y no se si tomarmela o no porque yo se que las licencias las paga la caja de compensación... Me iran a descontar de mi licencia lo adeudado?

Si se preguntan por que no recurro a la inspección del trabajo es por tres razones:

1. Si demando a la empresa ahora no les caeran ni $10 pesos por indemnización
2. Me gusta lo que hago y se que solo es una mala racha
3. No estoy en una edad que sea muy facil encontrar trabajo en el rubro en el que trabajo.

Eapero puedan ayudarme con mi inquietud...